2014年4月28日 星期一

張俊哲暨 LGD@NTU 同仁研究成果 (2002-2014)

































I. 近五年著作 ( 2009 8 月升副教授迄今)
[1] Lin, G.W., Cook, C.E., Miura, T.*, and Chang, C-c.* (2014) Posterior localization of ApVas1 positions the preformed germ plasm in the sexual oviparous pea aphid Acyrthosiphon pisum. EvoDevo (accepted) (SCI; IF: 3.914, 10/41 (Developmental Biology))
[2] Chung, C.Y., Cook, C.E., Lin, G.W., Huang, T.Y., and Chang, C-c.* (2014) Reliable protocols for whole-mount fluorescent in situ hybridization (FISH) in the pea aphid Acyrthosiphon pisum: a comprehensive survey and analysis. Insect Science, doi: 10.1111/1744-7917.12086 (SCI; IF: 1.786, 24/87=27.6% (Entomology)) (封面)
[3] Chung, C.Y., Chen, J.H., and Chang, C-c.* (2014) Appum, a Drosophila homolog of pumilio in the pea aphid: cloning, developmental expression, and presumptive roles in posterior patterning. Formosan Entomologist, 33: 237-252.
[4] Hsiao, Y. M., Lin, G.W., and Chang, C-c.* (2014) Establishment of the pea aphid as a developmental model organism: history, significance, and future prospects (in Chinese). Formosan Entomologist, 33: 215-235. (封面)
[5] Chang, C-c.*, Hsiao, Y.M., Huang, T.Y., Cook, C.E., Shigenobu, S.; Chang, T.H. (2013) Noncanonical expression of caudal during early embryogenesis in the pea aphid Acyrthosiphon pisum: maternal cad-driven posterior development is not conserved. Insect Molecular Biology, 22: 442–455. doi: 10.1111/imb.12035 (SCI; IF: 3.044, 3/87=3.45% (Entomology)) (被選為 2014 年封面) (代表著作)
[6] Lu, H.L., Tanguy, S., Rispe, C., Gauthier, J., Walsh, T., Gordon, K., Edwards, O., Tagu, D., Chang, C-c.*, Jaubert-Possamai, S.* (2011) Expansion of genes encoding piRNA-associated Argonaute proteins in the pea aphid: diversification of expression profiles in different plastic morphs. PLoS ONE 6(12): e28051. doi:10.1371/journal.pone.0028051 (SCI; IF: 3.730. 7/56=12.5% (Multidisciplinary Sciences))
[7] Huang, T.Y., Cook, C.E., Davis G.K., Shigenobu S., Chen R.P.-Y., and Chang C-c.* (2010) Anterior development in the parthenogenetic and viviparous form of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum: hunchback and orthodenticle expression. Insect Molecular Biology 19: 75-85. (SCI; IF: 3.044, 3/87=3.45% (Entomology))

[8] Shigenobu S.*, Bickel, R.D., Brisson, J.A., Butts, T., Chang, C-c. et al. (2010) Comprehensive survey of developmental genes in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum: frequent lineage-specific duplications and losses of developmental genes. Insect Molecular Biology 19: 47-62. (SCI; IF: 3.044, 3/87=3.45% (Entomology))
[9] The International Aphid Genomics Consortium (2010) Genome sequence of the pea aphid Acyrthosiphon pisum. PLoS Biology 8(2): e1000313. doi:10.1371/journal.pbio.1000313. (SCI; IF: 12.690, 1/83=1.2% (Biology)) (封面)
 (張俊哲擔任生殖基因組組長並且負責封面之製作,作者排序請詳參論文)
[10] Chen, Y.C., Wu, B.C., Chu, C.Y., Cheng, C.H., Han, H.W., Chen, G.D., Lee, M.T., Hwang, P.P., Kawakami, K., Chang, C-c., and Huang, C.J.* (2010) Identification and characterization of alternative promoters of zebrafish Rtn-4/Nogo genes in cultured cells and zebrafish embryos. Nucleic Acids Research 38:4635-4650. (SCI; IF: 8.278, 27/290=9.31% (Biochemistry & Molecular Biology))

II. 其他參考著作
擔任助理教授期間 (2003 8 – 2009 7 )
[11] Chang, C-c.*, Huang, T.Y., Cook, C.E., Lin, G.W., Shih, C.L., and Chen, R.P.-Y. (2009) Developmental expression of Apnanos during oogenesis and embryogenesis in the parthenogenetic pea aphid Acyrthosiphon pisum (Hemiptera: Aphidoidea). International Journal of Developmental Biology 53: 169-176. (SCI; IF: 2.614, 24/40=60% (Developmental Biology); [2008] IF: 2.359, 21/38=55.2% (Developmental Biology))
[12] Tsai, Y.C., Solter, L.F., Wang, C.Y., Fan, H.S., Chang, C-c.*, and Wang, C.H.* (2009) Morphological and molecular studies of a microsporidium (Nosema sp.) isolated from the three spot grass yellow butterfly, Eurema blanda arsakia (Lepidoptera: Pieridae). Journal of Invertebrate Pathology 100: 85-93. (SCI; IF: 2.669, 16/151=10.6% (Zoology); [2008] IF: 2.005, 20/125=16% (Zoology))
[13] Mito, T., Nakamura, T., Sarashina, I., Chang, C-c., Ogawa, S., Ohuchi, H., and Noji, T.* (2008) Dynamic expression patterns of vasa during embryogenesisin the cricket Gryllus bimaculatus. Development Genes Evolution 218: 381-387. (SCI; IF: 1.695, 24/40=87.5% (Developmental Biology); [2008] IF: 2.171, 26/38=68.4% (Developmental Biology))  
[14] Chang, C-c.*, Huang, T.Y., Shih, C.L., Lin, G.W., Chang, T.P., Chiu, H., Chang, W.C. (2008) Whole-mount identification of gene transcripts in aphids: Protocols and evaluation of probe accessibility. Archives of Insect Biochemistry and Physiology 68: 186-96. (SCI; IF: 1.515, 29/87=33.3% (Entomology); [2008] IF: 1.274, 21/72=29.2% (Entomology))
[15] Chang, C-c.*, Chiu, H., and Lee, H.J. (2008) Identification of nuage-like structures in the panoistic ovarioles of the German cockroach Blattella germanica (Linnaeus). Formosan Entomologist 28: 1-10. (封面)
[16] Lin, G.W., Lu, S.L., Huang, T.Y., Shih, C.L., Wu, W.J.*, and Chang, C-c.* (2008) Molecular identification of weevils significant for customs inspection and quarantine importance. Formosan Entomologist 28: 43-55. (in Chinese)
[17] Chang, C-c.*, Lin, G.W., Cook, C.E., Horng, S.B., Lee, H.J. and Huang, T.Y. (2007) Apvasa marks germ-cell migration in the parthenogenetic pea aphid Acyrthosiphon pisum (Hemiptera: Aphidoidea). Development Genes Evolution 217: 275–287 (SCI; IF: 1.695, 24/40=87.5% (Developmental Biology); [2007]: IF: 2.068, 24/37=64.9% (Developmental Biology))
[18] Chang, C-c.*, Lee, W.C., Cook, C.E., Lin, G.W., and Chang, T. (2006) Germ-plasm specification and germline development in the parthenogenetic pea aphid Acyrthosiphon pisum: Vasa and Nanos as markers. International Journal of Developmental Biology 50: 413-421. (封面) (SCI; IF: 2.614, 24/40=60% (Developmental Biology); [2006]: IF: 3.577, 9/34=26.4% (Developmental Biology))

由博士論文研究所發表之論文 (2002 )
[19] Chang, C-c., Dearden, P., and Akam, M.* (2002) Germline development in the grasshopper Schistocerca gregaria: Vasa as a marker. Developmental Biology 252: 110-118. (封面) (SCI; IF: 3.868, 11/41=26.8% (Developmental Biology); [2002]: IF: 5.194, 7/33=21.2% (Developmental Biology))

[20] Chang, C-c. and Cook, C.E.* (2002) Trends in genomic “evo-devo". 3 (7): reports 4019.1-4019.2. Genome Biology. (SCI; IF: 10.288, 4/160=2.5% (Biotechnology and Applied Microbiology))

2014年4月8日 星期二

超越恐懼 (Beyond the Fear) - 臺大教學發展中心電子報第 74 期編輯手札


 第74期編輯手札
文/張俊哲 (臺大昆蟲學系副教授)

“或許你可將最勇敢的水手,無畏的飛行員,或大膽的士兵齊聚一堂—但你得到些什麼呢?他們心中恐懼的總和。(溫斯頓•邱吉爾)" 

  "Why, you may take the most gallant sailor, the most intrepid airman or the most audacious soldier, put them at a table together - what do you get? The sum of their fears. —Winston Churchill" 


  我想如果這一期的編輯手札沒有和大家聊到近日的學生運動,教學發展中心的電子報大概會被鄉民冠以「象牙塔報」或「天龍國報」之類的暱稱。政治的議題當然不在我們討論的範圍,但學生是教學活動的重要主體,我們不得不關心。我沒有社會學或是政治學的專業,無法由相關的角度來解析這次的群眾運動,但隨著聽到陸續有學生前去參與,我再也忍不住詢問他們的動機。果不其然,他們和課堂的表現差不多:要他們拼出琅琅上口的 “DNA” 英文全名,大概有二分之一的學生答不出;要請他們說出「服貿」的正式全名為「海峽兩岸服務貿易協議」的比例更低。為何他們會熱衷於一個連自己都拼不出全名的群眾運動?就我的觀察,他們似乎找到了一個可以認同彼此、交換感覺的地方,而這個交集就是 – 「恐懼」:恐懼出路 (含國家與個人)、恐懼低薪、甚至恐懼吃苦和恐懼即將到來的期中考試。就某些層面而言,同學們或許離英國首相邱吉爾口中的勇士相當接近,亦或許尚有一段距離;但毫無疑問地,他們聚集也是一種「恐懼的總和」,而持不同意見者也只是「另一種的恐懼總和」,就連許多的旁觀者亦無法倖免於恐懼。

  就除去恐懼的角度而言,在群眾運動當中,抗爭者和抗爭對象間的互信至為關鍵;而在課堂當中,若老師的評分機制能公正公允,且能在開學之初即「取信於民」,同學們對「黑箱評分」之恐懼自然能大幅降低。我們非常感謝生科系于宏燦老師能分享多年所累積之評分寶貴經驗,讓老師們能更明白如何在「制度」和 「態度」這兩個面向著力,使得成績不僅是分數上的公平,更能反映出學生的努力程度。令人激賞的是,于老師力倡「評分為達到教學目標的手段」,藉由創意的評分方式,激發同學之學習意願。這對僅把「評分」和「改考卷」劃上等號的老師 (當然包括我在內),可說是相當受用的新思維。其實我也非常鼓勵同學詳讀本文,保證在短時間內對解開老師的「評分心理學」,會有大幅度的進步。

  我可以理解同學們面對不安的未來所產生的心理恐慌,但我也要善意地提醒同學:沒有那一個世代的年輕人面對未來而不恐慌;恐懼可以是抱怨的理由,但絕非是消極怠惰的藉口。特別是台大的同學,更不要忘了 18 歲時的勝利,絕不能保證你在 22 歲畢業時仍是「人生勝利組」。更重要的是,不要忘了自己是「台大人」,在享有最充沛的教育資源的同時,應有肩負未來國家社會發展的責任,把握每一天寶貴的學習機會,好好地充實自己。這樣的說法聽似八股,但事實上絕不八股。我上述「倚老賣老」的說法,可呼應陳宏宇老師在「新一技之長」所提到的實例:陳老師在劍橋大學擔任訪問學者期間,巧遇一位該校划船隊代表;陳老師對於這位同學能在天寒地凍的環境中五點起床接受體能訓練後,仍能和其他同學一樣準時出席早上九點的課感到好奇和欽佩;他請教這位同學為何能夠如此精實的原因,竟然只得到「劍橋耶!」這樣簡短又震撼的答案。我想不僅是陳老師,應有很多的老師都深刻期盼同學們能夠以「我是台大耶!」的心情來驅策自己,以不辜負社會之殷殷期許。

  在校園杜鵑花逐漸凋零之際,沒有想到太陽花竟然會在這樣的時節和時局中出現,真是令人百感交集。就植物本身而言,所有的花—當然也包括太陽花—都應在大自然中搖曳生姿,且依時節繽紛綻放;而今,各式各樣的花朵竟成了群眾運動心理與精神的寄託,希望藉由花種的認同,提高認同感,同時也稀釋恐懼感。這或許是另一種「恐懼總合」的昇華吧!然而很不幸地是:恐懼有如流感病毒般地具有高度的傳染力,逃避和抱怨成了它傳播的載體。雖說「超越恐懼 (beyond the fear),才能克服恐懼 (over the fear)」,但如果你問我如何能真正超越恐懼?我目前最誠實的答案恐怕是:I don’t know (我不知道)。但若是面對困難時能有一些解決問題的答案與建議,恐懼感應會隨之降低。因此,除了有關「評分」和「一技之長」的良方,本期電子報尚有解決「學習資料結構與演算法瓶頸」 (參見「資訊人的入門招式」/林軒田) 和「傳統教學困境」 (參見「開放,讓世界更美好」/謝瑞齡、康仕仲;「ISW 課程與有效教學結構 BOPPPS 的運用/陳欽洲」) 的優質建議,在此亦一併誠懇推薦。

  其實,不願誠實地面對恐懼,其後果可能比恐懼的本身更加恐懼。如果連最勇敢的水手、無畏的飛行員、大膽的士兵都不能免於恐懼,持不同意見的雙方何不以「恐懼」為最大公約數展開溝通,異中求同,有智慧地和平解決問題。或許我太浪漫,但浪漫應是教育者的 DNA,也是花朵情感的歸宿。

俊哲
2014. 4. 2

2014年2月15日 星期六

Sum of All Fears, Sum of All Triumph: 收到 102-1 分子生物學教學評鑑有感


圖案修改自 Wikipedia

剛剛收到 102-1 分子生物學的教學評鑑,內心百感交集。在打開檔案之前,不知歷經兩次大考,又要面臨期末考的同學,在十七週漫長的課程轟炸後,會寫下什麼樣的評價。按下滑鼠的前夕,竟和點開期刊評審委員的 email 有著相似的心境綜合和這一切的感覺,讓我聯想起 Tom Clancy 的小說 "恐懼的總和 (The Sum of All Fears)" ,或許書名正道出我尚未釐清的心境。點開檔案後,看到同學的肯定或批評,心境隨即沈澱下來,有點像是收到稿件可被接受刊登但尚需修改 (accepted with revisions) 那樣的感覺,我將這樣的感受稱之為 "喜悅的總和 (The Sum of All Triumph)" 

        在網路上 Google 近兩年學生對我分生教學的評鑑,發掘資料有點斷層,大概都轉往臉書 (Facebook) 去了。今年每幾乎每一科同學的評語都有字數明顯減少的現象,不知是否與此有關。我非常瞭解一但有了自己的臉書 ,一定會廢寢忘食地經營,因此迄今尚未 "露臉"。因此鼓起勇氣將學生的評語貼上,希望來年選課前讓同學瞭解授課的風格與特色。再次感謝大家!


(續) 附上前幾年評語的節錄 ( 張俊哲分子生物學)
*會引導我們的思路,不是一開始就把一堆知識直接塞給我們,而是會要我們思考,我們想了解的問題是什麼?當年的科學家看到這個結果會如何做解讀?讓這些知識在我的腦海裡留下更深刻的印象,也讓我更明白在實驗裡如何去研究
一個問題。
*能夠上老師的課更讓我感動阿!!每次上課都覺得非常有趣,不論是老師上課的風格還是各種課外分享,讓人學習起來一點都不枯燥乏味,非常榮幸能夠修到老師的課,太棒了!!!
*能感受到老師對教授的熱忱以及對科學的愛好,上課上的很舒服!謝謝教授!
*老師非常認真教學;老師很用心,以最新的資料當作教材。
*等了一年來上老師的課,果然非常值得。老師您在課堂上的每一字每一句,都讓台下的我們感受到您教學的熱忱以及認真的態度。而坐在台下的我,雖不能誇口自己見過各式各樣的老師,但我能保證老師您絕對是那最一流的老師之一。最後,依然要再一次謝謝老師這半年的指導。
*老師真的非常非常的認真,繁瑣的分生被歸納於重要觀念真的很受用。
*老師總是認真地準備上課的教材,讓我們能在短短的一學期對分子生物學這門學問打下基礎。更難能可貴的是,即便此課程對學生來說負擔頗不輕鬆,但一學期下來反而讓我對分子生物學更加充滿興趣。謝謝老師!老師很熱情,讓我
感受到分子生物學家的熱情!
*老師上課講解非常詳細有些在基礎生物不太理解的內容我也能貫通了!
*老師上課認真,課程內容雖然稍有難度,可是老師講解得很清楚,並且之後有一再地複習觀念,讓同學更能吸收。
*老師真的是充滿熱情與幽默的一位好老師,身為藥學所研究生,每次聽老師講到實驗的部分都喜感親切,也期許自己能有像老師一樣的動力發現更多生命的感動,希望老師能繼續開這門 造福學弟妹!
*專業!熱情!可以感覺出來老師很用心的準備上課的內容,課程也很充實!
*謝謝老師這學期的授課,講解清楚又容易懂。老師非常懂得做學問、表達知識的方法!
*Extremely wonderful! 老師很用心準備教學! 專業!熱情!
*Thank you!! 老師上課講解的十分清晰,讓我們在課堂上即能完全吸收內容。老師也常和我們分享一些實驗的小技巧,覺得頗為受用,也謝謝老師常在課堂上分享些特別並且能讓人有所啟發的小故事,總是很激勵人心呢! 讓人能不畏懼的繼
續學習下去,讓人更加喜愛分子生物學!
*A wonderful class^^~ Thanks a lot! 很少見到這麼用心準備課程又風趣的老師,真的非常感謝老師這學期的指導~老師超熱血的,對於學問知識的熱忱能感動學生。
*我非常認同學習分子生物學,應該學習機制的運作及原理,而不是去背誦一大推專有名詞。非常慶幸能夠上到張俊哲老師開的課,希望老師繼續努力,老師上課真的非常不錯,努力將複雜的東西變的簡顯易懂。老師對於分生的熱忱我們都
看的到,也深深被感染到,謝謝老師的指導。

*老師是我的恩人! 成功激發我對於分子生物學的興趣!我也期許將來能和老師一樣做一名熱情的科學人!


2014年1月23日 星期四

堅毅的浪漫特質 (Romantic GRIT) -- 臺大教學發展中心電子報第 73 期編輯手札

http://ctld.ntu.edu.tw/_epaper/ 第 73 期編輯手札
文/張俊哲 (臺大昆蟲學系副教授)



Romantic GRIT – 找尋基因表現與奮鬥人生的浪漫元素。本圖為 2013 年 12 月 31 日與學生分享「基因調控的浪漫抉擇」電子板書。藍色:RNA 聚合酵素 (RNA Polymerase);綠色:參與基因轉錄的基本因子 (general transcription factors);黃色:強化序列 (enhancer);白色:三角錐狀體為活化蛋白 (activator protein),長線條為 DNA,箭頭為訊息傳遞方向;粉紅色:基因表現序列所在區域。請讀者不用拘泥專有名詞,只需稍加感受基因調控之複雜與精準即可。圖文:張俊哲。  

           2013 年最後一天的傍晚,我上了本學期最後的一堂分子生物學。利用加課的最後三十分鐘,終於將基因如何調控胚胎的發育,較為完整地介紹給同學。順利地完成了 17  4 學分的重課,理應覺得如釋重負,但心裏竟有一絲說不出的惆悵。

  偕課程助教走向停車場的過程中,我才猛然回想起剛剛想要和同學分享的新體會 – 「基因調控的浪漫抉擇」。因此,利用隔週期末考試開始前的五分鐘,我藉由幫同學複習基因表現的原理,鼓勵同學們思考:

  「為何一個基因的表現要花這麼大的力氣?整個過程不僅需要基本的酵素群,更要勞駕相隔數百或數千個核酸之遠的強化序列來結合活化蛋白,讓活化蛋白再透過一大群的媒介因子,使得啟動的訊息可傳至聚合酵素,正式揭開基因表現的序幕。而且這樣的大工程,也只不過是我們數兆個細胞當中一個基因表現的縮影!即便是處於昏睡狀態,如此波瀾壯闊的基因調控也不曾停歇,否則生命將無法延續。為什麼細胞要花這麼多功夫,動員那麼多調控因子,只為了啟動一個基因 (參閱附圖)?而這樣不怕麻煩地使命必達,難道會遜於送上九百九十九朵玫瑰或人世間其它形式的浪漫?」

  我很慶幸在講解上述內容的當時,班上沒有任何一個同學打瞌睡。然而,這五分鐘卻也是本學期上課全班沒有一個人打瞌睡的唯一時段!大多數的時間,總有幾位同學一上課便體力不支而進入昏睡狀態,而且在下課十分鐘趴著睡覺竟漸漸成了「全民 (班) 運動」……
  
        如果讓自幼貧困失學的吳寶春先生來目睹上述之「昏睡即景」,不知他會作何感想?不論答案的本質是憐憫、感歎、甚或責備,在此我都不願意多做揣測。然而,我非常願意將各位讀者的注意力再次帶進青年吳寶春的世界 – 「從最後一名到世界第一」的下集。藉由他的口述,讓大家明白一個麵包小師傅如何在汗水和淚水交織的奮鬥歷程,勇奪世界麵包大賽冠軍。無庸置疑地,吳先生的成功絕對是發揮「GRIT (堅毅)」特質之最佳例證之一 (請參閱上期電子報)。但是又有多少自幼貧困失學的年輕人,甚或是衣食無虞的同學,只因著主客觀的挫折,或是尚未或從未臨到的壓力,就怨天尤人,自暴自棄?對許多人而言,或許吳寶春的例子確實感人,GRIT 之重要性也無庸置疑,但它們不過就是讓人體驗「知易行難」的素材而已。難道,真的是如此的無奈?

  非也!在吳先生的演講稿中,我很興奮地發現了驅動 GRIT 的「浪漫元素」:他可以每天花十幾個小時,只為了做出入口回甘的麵包;他可以因著巴黎的雪花輕吻臉頰,而一償進入童話世界的宿願;他可以從比賽會場看到自己國家的國旗飄揚,因而領悟生命的價值,而不再自卑。這些看似樸拙的情懷,其實正是讓他一次次擦乾淚水、克服困境、啟動堅毅特質的強大驅策力。因此,如果不要將浪漫限縮於愛情的世界,我們從微觀的基因調控到人世間許多的純全良善,都處處可發掘到浪漫的元素。例如本期所報導的「新師營」就蘊含許多「浪漫的堅毅 (romantic GRIT):從耗時數個月的籌劃、整備、通知、協調、執行,都是為了新進教師能在239 公里遠的溪頭山區待上三天後滿載而歸,並且希望藉由開學前的充電,讓新師們在競爭激烈的學術環境中,能掌握生涯發展之要領,並保有教學研究的高度熱忱。其實在風光明媚的溪頭實驗林辦活動,本身就是顯而易見的浪漫。但更深層的浪漫,則在於工作人員默默地付出,以及受邀講員能無懼後浪推前浪的兢爭威脅,將寶貴的經驗傳授給後進的情懷。

  用同樣的角度來思考林英智老師為何願意花 30 年的時間來耕耘普通化學的教學 (參閱「建構物質科學的抽象概念」),以及為什麼學校要花力氣將教學演講內容放到 YouTube (參閱「臺大YouTube EDU 頻道簡介」),同時幫助大家製作教學媒體 (參閱「掌握製作小技巧,自創吸睛優質的教學短片!(下)」),就不難發現正是那股浪漫的情懷再度呼喚失去的夢想和熱情,使得臺灣大學不致被急功近利的潮流完全吞噬,甚至有時還可得勝有餘!

  隨著農曆年節的到來,先祝福大家由內而外過個浪漫而且愉快的春節!也期待大家以最浪漫的心情、最堅毅的心理狀態迎接杜鵑花綻放的開學!

俊哲  敬上
2014.1.17